Sejak jatuhnya Orde Baru Soeharto di bulan Mei tahun 1998, pengaruh politik militer mengalami penurunan yang drastis. Militer tidak lagi memiliki pengaruh politik yang dominan terhadap pemerintahan, dan pada saat ini tidak berada dalam posisi meraih kembali kekuasaan politik. Akan tetapi, konsolidasi penuh demokrasi menuntut dimusnahkannya, atau setidaknya diorientasi kembali jaringan teritorial, disipilkannya badan-badan intelijen dalam negeri, dibenahinya keuangan militer, serta dibentuknya persatuan dan disiplin militer. Selain itu dituntut pula terbentuknya doktrin yang jelas-jelas mendukung supremasi sipil.

Proses pengendalian militer telah dimulai sejak pemerintahan Presiden Habibie: jumlah wakil militer pada legislatif tingkat nasional dan daerah dikurangi, perwira yang masih aktif tidak diperbolehkan untuk dipilih atau ditunjuk menjadi pejabat pemerintahan sipil, militer menganut posisi netral terhadap seluruh partai politik, dan polisi dipisahkan dari angkatan bersenjata.

Kendali sipil atas pemerintahan dikonsolidasi oleh Presiden Abdurrahman Wahid setelah ia terpilih pada Oktober 1999. Saat yang menentukan adalah pada bulan Februari 2000 ketika ia secara efektif memecat Jenderal Wiranto dari Kabinetnya setelah Wiranto disebut-sebut sebagai salah seorang yang bertanggung jawab atas pelanggaran hak asasi manusia di Timor Timur di tahun 1999. Bahwasanya presiden telah menegakkan kewenangannya terbukti dengan tiadanya reaksi dari pihak militer ketika ‘orang-kuat’ militer dari masa hanya empat bulan berselang dipaksa keluar dari pemerintahan. Pada bulan-bulan awal di masa kepresidenan Abdurrahman pimpinan militer secara resmi melepaskan doktrin Dwifungsi yang tealh memimpin keterlibatan politik mereka selama masa Soeharto.

Kendati militer tidak lagi memegang peranan penentu dalam pemerintahan, namun demikian mundurnya militer dari kancah politik sehari-hari tidak berjalan teratur dan belum juga tuntas. Perwira militer masih tetap terlibat dalam berbagai kegiatan politik yang tersisa dari masa Soeharto, termasuk menduduki kursi di legislatif. Wakil militer yang ditunjuk baru akan meninggalkan parlemen nasional dan daerah di tahun 2004 dan MPR di tahun 2009. Selain itu TNI masih memiliki berbagai sumberdaya yang dapat digunakan untuk mengerahkan pengaruh politiknya:

• Melalui struktur teritorialnya, angkatan darat memiliki satuan militer di setiap propinsi, kabupaten dan kecamatan di seluruh Indonesia, yang memungkinkannya mempengaruhi perkembangan politik pada setiap tingkatan pemerintahan.
   
• Militer, khususnya angkatan darat, masih terwakili secara kuat pada lembaga intelijen negara dan militer yang tetap menyoroti permasalahan politik dan sosial dalam negeri.
   
• Militer, melalui badan usahanya serta cara lain, mengumpulkan dana guna menutup sekitar 75 persen dari pengeluarannya. Kegiatan pengumpulan dana tersebut pada umumnya tidak dicermati oleh khayalak ramai: pimpinan militer bisa memperoleh uang dalam jumlah yang besar yang dapat digunakan untuk membiayai kegiatan politik di masa depan.

Meski memiliki sumberdaya politik demikian, tidaklah mungkin bagi militer untuk meraih kembali kendali atas pemerintah di masa depan yang dekat. Militer masih terlalu terpecah-belah untuk bertindak secara terpadu; mereka masih kurang yakin atas kemampuannya sendiri untuk memberi jawaban terhadap beraneka ragam tantangan yang dihadapi Indonesia; dan yang terpenting, pimpinannya cukup sadar bahwa setiap upaya untuk mendirikan kembali kekuasaan politiknya hampir pasti akan memicu demonstrasi secara besar-besaran diseluruh negara, yang dengan mudah dapat berubah menjadi kerusuhan – yang mereka, pada gilirannya, kurang yakin mampu menanggulanginya.

Kendati demikian, perwira militer – baik atas prakarsa mereka sendiri atau atas instruksi dari tingkatan yang lebih tinggi pada hirarki militer – kadangkala terlibat dalam kegiatan yang tampaknya bertujuan mengikis wewenang pemerintah terpilih. Misalnya:

• Terdapat berbagai isyarat adanya perlawanan militer terhadap kebijakan pemerintah, terutama di daerah yang tengah mengalami gangguan keamanan, seperti Aceh, Maluku, Timor Barat dan Irian Jaya;
   
• Meski tidak terbukti, kalangan politik – termasuk jajaran tertinggi pemerintahan – secara luas percaya bahwa beberapa purnawirawan masih mempengaruhi perwira aktif untuk menjalankan kegiatan, termasuk memperkeruh konflik sosial, guna mengikis stabilitas pemerintahan sipil; dan
   
• Milliter tampaknya berhasil menunda dan menghalang-halangi penyelenggaraan proses pengadilan terhadap para perwira yang dituduh melakukan pelanggaran HAM.

Laporan ini mengidentifikasi langkah-langkah dasar yang perlu diambil saat ini guna memperkokoh komitmen militer Indonesia saat ini untuk tidak terlibat politik – yaitu langkah-langkah praktis yang bertujuan membatasi kemampuan militer, ataupun oknum militer, untuk menentang dan menghalau kebijakan pemerintah melalui cara-cara yang tidak konstitusional. Tekanan yang hendak diberi disini adalah terhadap arah dari tanggapan yang diperlukan ketimbang detil administrasinya: laporan-laporan ICG berikutnya akan memperhatikan permasalahan demikian termasuk peranan militer dan polisi dalam operasi keamanan dalam negeri, kekuasaan militer pada tingkatan lokal, dan politik reformasi militer.

Beberapa rekomendasi yang dikembangkan pada bab kesimpulan dalam laporan ini, dan diringkas dibawah ini, memerlukan tindakan militer semata-mata, namun pada umumnya yang dibutuhkan adalah sebuah hubungan kerjasama antara pemerintah dan militer – dimana pemerintahan sipil memegang peranan pemimpin. Dalam proses reformasi militer tersedia peranan bagi banyak pelaku – Presiden dan menterinya, legislatif, dan kekuatan politik sipil, serta pihak militer sendiri. Akan tetapi pertanyaan mendasar mengenai fungsi militer tidak dapat ditentukan oleh militer semata-mata, karena permasalahan tersebut merupakan kepentingan hakiki bagi seluruh bangsa. Tujuan akhir pada sebuah masyarakat demokratis harus selalu berupa keberhasilan dalam pengendalian penuh atas urusan militer oleh pemerintah sipil secara demokratis.

Jakarta/Brussels, 5 September 2000