Di Papua, propinsi paling timur di Indonesia, terjadi peningkatan kekerasan politik pada 2009, yang berlanjut hingga 2010. Salah satu penyebab adalah meningkatnya kegiatan para aktivis militan dari pegunungan tengah, yang mayoritas dari mereka adalah anggota Komite Nasional Papua Barat (KNPB). Para aktivis ini memutuskan sudah tak ada lagi harapan untuk mewujudkan tujuan utama mereka, yaitu sebuah referendum kemerdekaan lewat cara-cara damai, sehingga mengakibatkan sebagian mereka mendukung aksi kekerasan serta dalam beberapa kasus para aktvisi ini terlibat tindak kekerasan. Taktik mereka dikecam oleh banyak rakyat Papua, tetapi pesan mereka menggema luas, dan frustrasi yang mereka ucapkan adalah nyata. Dialog antara para pemimpin Papua dan pejabat pemerintah pusat, apabila disiapkan dengan hati-hati, menawarkan kemungkinan untuk dapat menanggapi berbagai keluhan yang sudah lama dirasakan oleh rakyat setempat, tanpa mempertanyakan kedaulatan Indonesia.

KNPB bermula dari berkembangnya aktivisme para mahasiswa pro-kemerdekaan Papua setelah jatuhnya Soeharto pada 1998. Sejalan dengan terbentuknya dan pecahnya berbagai koalisi, KNPB muncul sebagai sebuah kelompok yang sebagian besar anggotanya adalah mahasiswa dan mantan mahasiswa yang mengadopsi ideologi kiri yang militan dan menganggap diri mereka sebagai revolusionaris, berperang melawan negara Indonesia dan perusahaan tambang emas dan tembaga raksasa Freeport dekat Timika. Ada dua konsekuensi utama dari bertambahnya militansi mereka. Pertama, mereka makin intens bekerjasama dengan para gerilyawan Tentara Pembebasan Nasional/Organisasi Papua Merdeka (TPN/OPM) di wilayah Pegunungan Tengah. Kedua, mereka semakin melihat bahwa satu-satunya harapan untuk dapat mencapai cita-citanya yaitu dengan memperlihatkan kepada dunia bahwa Papua sedang dalam situasi darurat – dan hal ini berarti lebih terlihatnya manifestasi konflik.

Kekerasan melonjak tahun 2009 sebagian karena tahun itu merupakan tahun diselenggarakannya Pemilu , dan pemilu memberikan sebuah fokus bagi sebagian aktivis pro kemerdekaan untuk melakukan aksi-aksi politik. Pemicu lainnya yaitu kegiatan di luar negeri – terutama pembentukan sebuah kelompok kecil pada bulan Oktober 2008 bernama International Parliamentarians for West Papua (IPWP) – telah mendorong para aktivis militan untuk meyakini bahwa dukungan yang lebih banyak dari internasional akan dapat mengubah dinamika politik di dalam negeri. Beberapa kejadian kekerasan pada bulan April di Abepura, daerah di pinggiran ibukota propinsi Jayapura dimana sebuah universitas berada, pada masa pemilu legislatif, bisa dihubungkan langsung dengan KNPB. Anggotanya juga mungkin telah membantu memicu kekerasan di wilayah dataran tinggi kabupaten Puncak Jaya, lewat komunikasi dan koordinasi dengan komandan TPN/OPM setempat, Goliat Tabuni.

Di daerah lain dimana terjadi kekerasan, KNPB suka juga mengklaim bertanggung jawab meskipun tidak ada peran langsung, seperti pada kejadian pendudukan lapangan terbang desa Kapeso di Mamberamo Raya.

Kekerasan paling dramatis di Papua dalam delapan bulan belakangan ini adalah serangkaian penembakan di sepanjang jalan utama tambang Freeport yang menghubungkan kota Timika dan Tembagapura, yang ditujukan pada kendaraan Freeport maupun Brimob. Banyak orang yang berada di dalam dan di luar Papua percaya bahwa pasukan keamanan yang bertanggung jawab sebagai cara untuk menambah jumlah pasukan mereka dan pada akhirnya meningkatkan kesempatan mereka memburu rente di Timika. Namun Crisis Group percaya bahwa kemungkinan besar ada keterlibatan satu atau lebih komandan TPN/OPM, karena adanya pernyataan-pernyataan bahwa mereka mengklaim tanggungjawab atas beberapa serangan tapi tidak semuanya dan adanya berbagai testimoni dari beberapa saksi. Tetapi terbuka juga kemungkinan lain yaitu ada beberapa pihak yang terlibat, yang disebut oleh warga Papua sebagai “satu piring, dua sendok”.

Kekerasan, bercampur dengan kegiatan-kegiatan KNPB, telah berhasil meningkatkan profil Papua baik di dalam maupun luar negeri, dan telah menambah minat terhadap kemungkinan dialog antara para pemimpin Papua dan Jakarta mengenai berbagai masalah, yang ditujukan untuk menyelesaikan konflik. Jalan menuju dialog penuh dengan perangkap, dan ada kemungkinan gangguan dan banyak rasa ketidakpercayaan di antara kedua belah pihak. Banyak di pemerintah pusat yang percaya bahwa pembahasan apapun mengenai masalah-masalah non-ekonomi seperti otonomi yang lebih besar atau keluhan yang berhubungan dengan sejarah Papua hanya akan semakin memicu keinginan untuk merdeka dan mengaburkan perubahan positif yang sedang berlangsung. Mereka berargumentasi bahwa, tidak saja telah dilakukan “Papuanisasi” terhadap pemerintahan lokal dan sudah ada komitmen untuk mempercepat pembangunan, tetapi polisi juga secara bertahap telah menggantikan militer sebagai garis depan respon terhadap kegiatan separatis.

Sebagian aktivis Papua percaya bahwa dialog seharusnya hanya dilakukan dengan mediasi internasional serta pilihan politik yang dibiarkan terbuka, bukan dialog dengan pilihan politik menerima otonomi dan menutup pintu kemerdekaan. Bahkan mereka yang menerima kedaulatan Indonesia percaya bahwa Jakarta memiliki sejarah hanya memberikan janji-janji tapi tak bisa menepatinya, dan apabila Jakarta setuju untuk melakukan dialog, hal itu hanya menjadi sekedar upaya Public Relations tanpa ada maksud untuk merubah status quo. Akan tetapi, radikalisasi KNPB merupakan bukti bahayanya meninggalkan keluhan politik menjadi borok. Lebih dari itu, meskipun banyak dari elit Papua yang tidak setuju dengan taktik KNPB, pesan mereka menggema jauh lebih luas meskipun sebenarnya KNPB adalah kelompok yang kecil.

Sebuah inisiatif gabungan intelektual Papua dan peneliti Papua di Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia atau LIPI untuk menguraikan secara garis besar sebuah peta yang akan menjadi dasar bagi sebuah dialog antara kedua belah pihak. Peta ini kemungkinan merupakan pilihan yang paling produktif yang ada saat ini untuk mengakhiri konflik. Jika ingin berhasil, akan membutuhkan pengakuan bahwa solusi bagi Papua adalah lebih dari sekedar pembangunan ekonomi, meskipun hal itu sangat penting. Ia juga akan membutuhkan dukungan nyata dari presiden Indonesia, Soesilo Bambang Yudhoyono.

Jakarta/Brussels, 11 Maret 2010