รัฐประหารเดือนกันยายน ปี 2549 ในไทย แม้จะสร้างผลเสียหายต่อพัฒนาการทางประชาธิปไตย แต่ขณะเดียวกันก็ได้เปิดทางให้มีการจัดการความขัดแย้งในพื้นที่ของมุสลิมในภาคใต้ให้ดีขึ้น รัฐบาลรักษาการณ์ของพล.อ.สุรยุทธ จุลานนท์ได้ยกเครื่องนโยบายส่วนหนึ่งที่ย่ำแย่ที่สุดของรัฐบาลชุดก่อน และยังส่งสัญญาณว่าพร้อมจะแก้ไขปัญหาที่เป็นต้นเหตุของความไม่พอใจในพื้นที่มาอย่างยืดเยื้อยาวนาน แต่การแปลงคำพูดของรัฐบาลในกรุงเทพฯให้เป็นการกระทำในพื้นที่เป็นไปอย่างยากลำบาก และความสัมพันธ์ระหว่างกำลังรักษาความมั่นคงกับชุมชนในพื้นที่ยังคงตึงเครียดขณะที่ความรุนแรงก็ทวีขึ้น คนไทยที่อยู่นอกพื้นที่ได้กดดันให้รัฐบาลหันกลับไปใช้วิธีการปราบปราบอย่างรุนแรงกับกลุ่มที่ต้องสงสัยว่าเป็นผู้ก่อการ รัฐบาลเองก็จำเป็นต้องตอบสนองต่อการที่เหตุรุนแรงขยายตัวสูงขึ้น แต่ว่าต้องทำด้วยความระมัดระวัง เพราะการจับกุมโดยไม่มีหลักฐานและการเสียชีวิตของพลเรือนที่มากขึ้นรังแต่จะไปเพิ่มแรงหนุนให้กับกลุ่มผู้ก่อการ

พล.อ.สุรยุทธเข้ารับตำแหน่งได้ไม่ถึงเดือนก็ได้ออกมาเอ่ยปากขอโทษต่อการกระทำที่ไม่ถูกต้องต่อมุสลิมในภาคใต้ในอดีต ซึ่งนับว่าเป็นเรื่องที่ไม่เคยมีมาก่อน พล.อ.สุรยุทธประกาศไม่ให้มีการทำบัญชีดำรายชื่อผู้ต้องสงสัยว่าเป็นผู้ก่อเหตุรุนแรงซึ่งเป็นสิ่งที่ทำให้การจับกุมโดยไม่มีหลักฐานลดลงอย่างมาก และยังรื้อฟื้นหน่วยงานในการบริหารจัดการความขัดแย้งที่อดีตนายกรัฐมนตรีพ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตรสั่งยุบไปเมื่อพค. 2545

มาตรการต่างๆดังกล่าว รวมทั้งการปล่อยตัวมุสลิม 56 คนที่ถูกคุมตัวไว้ร่วมสองปีด้วยข้อหาเล็กๆน้อยๆ ตลอดจนการยอมให้มีการประกันตัวในหลายคดีที่เกี่ยวเนื่องกับความขัดแย้งภาคใต้ถือว่าได้รับการต้อนรับจากคนในภาคใต้ อย่างไรก็ตาม มาตรการบางอย่างที่นำมาใช้เพื่อลดความไม่พอใจของมุสลิมกลับสร้างความแปลกแยกให้กับคนไทยพุทธในพื้นที่ เพิ่มความตึงเครียดระหว่างชุมชนและทำให้เจ้าหน้าที่ตำรวจอึดอัดใจ ในบางกรณี การปรับโครงสร้างกองกำลังรักษาความมั่นคงเพื่อปรับปรุงการประสานงานระหว่างหน่วยงานดีกลับทำให้ความตึงเครียดรุนแรงขึ้นแทนที่จะผ่อนคลายลง

ความพยายามในอันที่จะยอมรับอัตตลักษณ์ของมุสลิมมาเลย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่ทำผ่านระบบการศึกษา อาจจะช่วยลดทอนน้ำหนักของข้ออ้างของฝ่ายก่อเหตุรุนแรงที่ว่ารัฐบาลพยายามจะทำลายหรือไม่ก็บั่นทอนวัฒนธรรมแบบมาเลย์และอิสลาม อย่างไรก็ตามความพยายามในการนำภาษาพื้นถิ่นมาเลย์แบบปัตตานีมาใช้เป็นอีกภาษาหนึ่งในโรงเรียนระดับปฐม รวมทั้งส่งเสริมให้มีการใช้ภาษานี้ในหน่วยงานราชการกลับไม่เป็นผลอันเนื่องมาจากว่าไม่ได้รับการสนับสนุนทางการเมืองในระดับสูง

กลุ่มก่อความรุนแรงตอบโต้แนวทางการทำงานใหม่ของรัฐบาลด้วยการก่อเหตุรุนแรงและชวนเชื่อมากขึ้นโดยพุ่งเป้าทำลายความพยายามในการปรองดอง อีกด้านหนึ่งก็มีเครื่องบ่งชี้ด้วยว่า แม้จะยากลำบากแต่กลุ่มก่อความรุนแรงก็สามารถทำให้มีการประทัวงหลายหนเรียกร้องให้มีการปล่อยตัวผู้ต้องสงสัยว่าเป็นพวกแบ่งแยกดินแดนรวมทั้งให้มีการถอนกำลังรักษาความมั่นคงออกจากบางพื้นที่ด้วย ในช่วงสิบแปดเดือนที่ผ่านมาความสามารถในการรวมกลุ่มทางการเมืองในระดับหมู่บ้านของฝ่ายก่อความรุนแรงยกระดับขึ้นอย่างมาก แต่ที่ยังไม่ชัดก็คือเรื่องนี้ทำให้แรงสนับสนุนของชุมชนเพิ่มขึ้นด้วยแค่ไหน ชาวบ้านจำนวนมากหวาดกลัวทั้งกลุ่มก่อความรุนแรงและกำลังรักษาความมั่นคง พวกเขากลายเป็นพวกที่ติดอยู่ตรงกลางระหว่างสองกลุ่มนี้

การสังหารพลเรือนและสมาชิกของกองกำลังรักษาความมั่นคงรายวันโดยฝ่ายก่อความรุนแรงที่ติดอาวุธอย่างดีนับเป็นความจำเป็นที่เห็นได้ชัดว่าเรียกร้องให้ต้องมีการตอบโต้ด้วยกำลัง แต่การที่กลุ่มก่อความรุนแรงไม่เปิดเผยตัวและยังพร้อมจะหลบซ่อนอยู่ในหมู่พลเรือนเท่ากับว่ายุทธศาสตร์การใช้กำลังอย่างเดียวย่อมไม่ได้ผล รัฐบาลจำเป็นต้องมีสมดุลย์ระหว่างการรักษาความปลอดภัยกับการปกป้องสิทธิมนุษยชน

กฏอัยการศึกที่ยังมีผลบังคับใช้ควบคู่ไปกับกฏหมายบริหารราชการในภาวะฉุกเฉินซึ่งไม่เป็นที่ชื่นชอบของสาธารณะได้กลายเป็นเครื่องปกป้องนายทหารและตำรวจจากการถูกฟ้องร้องเอาผิด รัฐบาลรักษาการณ์แทบจะเรียกว่าไม่ได้มีความคืบหน้าใดๆในการสร้างความยุติธรรมให้เกิดขึ้นสำหรับกรณีปัญหาที่เกิดขึ้นก่อนหน้านี้ และยังปรากฏมีรายงานที่เชื่อถือได้ในเรื่องของการทรมานและการวิสามัญฆาตกรรมให้เห็นอีก การติดอาวุธพลเรือนเพื่อให้ป้องกันตัวเองตามโครงการอาสาป้องกันตนเองระดับหมู่บ้านก็ไม่ใช่ทางออกเพราะมีโอกาสที่อาวุธเหล่านั้นจะตกไปอยู่ในมือของกลุ่มผู้ก่อเหตุและเพิ่มความเป็นไปได้ในอันที่จะเกิดความรุนแรงอีก

อีกด้านหนึ่ง อะไรก็ตามที่เห็นกันว่าเป็นความพยายามเพื่อที่จะเอาใจอีกฝ่ายก็จะกลายเป็นเครื่องมือในการฆ่าตัวตายทางการเมืองของผู้นำไทยที่ต้องพึ่งพิงแรงสนับสนุนจากกลุ่มผู้มีสิทธิออกเสียงเลือกตั้งที่อยู่นอกพื้นที่ภาคใต้ ซึ่งคนส่วนใหญ่ในกลุ่มนี้ไม่มีปัญหาอะไรกับแนวทางแบบใช้ไม้แข็งของพตท.ทักษิณ

ผู้นำรัฐประหารพล.อ.สนธิ บุณยรัตกลิน กับนายกรัฐมนตรีพล.อ.สุรยุทธ จุลานนท์ได้หนุนให้มีการใช้มาตรการสำคัญคือการเจรจาให้เป็นทางออกหลักในการแก้ปัญหา แต่ต่างก็ยอมรับว่าคงจะต้องรออีกนานกว่าที่จะมีการเจรจาที่มีความหมาย ในปี 2549 การหารือเบื้องต้นกับสมาชิกกลุ่มแบ่งแยกดินแดนที่อยู่ต่างแดนล้มเหลวเมื่อปรากฏชัดว่าคนเหล่านั้นมีบทบาทอิทธิพลน้อยมากต่อการก่อเหตุในพื้นที่ ถึงที่สุดแล้วการให้อำนาจปกครองตนเองแบบที่ผ่านการต่อรองแล้วอาจจะเป็นทางออกก็ได้ แต่จนถึงขณะนี้กลไกในอันที่จะเปิดให้เกิดการพูดจากันยังไม่ปรากฏ

• รัฐบาลยังไม่สามารถระบุตัวฝ่ายนำของกลุ่มผู้ก่อการ อันที่จริงแล้วยังไม่ชัดด้วยซ้ำว่ามีฝ่ายนำในระดับที่สามารถควบคุมกลุ่มต่างๆที่ก่อความรุนแรงที่มีอยู่หลายๆกลุ่มในขณะนี้ได้
   
• คนไทยส่วนใหญ่ยังไม่ชอบใจความคิดในเรื่องของการเจรจา และรัฐบาลรักษาการณ์ชุดนี้ไม่ได้มีต้นทุนทางการเมืองที่จะเอามาใช้ได้มากนัก
   
• การเจรจาที่จะมีความหมายจะต้องมาจากรัฐบาลที่ได้รับมอบอำนาจจากประชาชนผ่านกระบวนการประชาธิปไตย

ความสามารถของรัฐบาลของพล.อ.สุรยุทธในการรับมือกับปัญหาภาคใต้เจอข้อจำกัดในเรื่องของปัญหาที่เร่งด่วนหลายเรื่องในกรุงเทพฯ และเจอแรงกดดันที่เพิ่มขึ้นเพื่อให้ดำเนินการในเรื่องหลักๆที่ถูกใช้เป็นข้ออ้างหาความชอบธรรมในการทำรัฐประหาร ไม่ว่าเรื่องฟื้นฟูความมั่นคง ดึงเศรษฐกิจให้คืนสู่สภาพเดิม และการเอาโทษอดีตนายกรัฐมนตรีพตท.ทักษิณตามข้อกล่าวหาเรื่องการทุจริตและหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ เหตุการณ์วางระเบิดหลายลูกในช่วงสิ้นปีในกรุงเทพฯก็ดี การออกมาตรการทางเศรษฐกิจหลายอย่างที่ไม่เข้าท่าก็ดี รวมทั้งความแตกแยกระหว่างรัฐบาลกับกลุ่มคณะผู้นำรัฐประหารก็ดี เหล่านี้ได้บั่นทอนความเชื่อมั่นของสาธารณะขณะที่ทำให้ปัญหาภาคใต้กลายเป็นเรื่องได้รับความสำคัญน้อยลงไปอีก

เหลือเวลาอีกแค่หกเดือนก่อนที่จะมีการเลือกตั้งตามระบบประชาธิปไตย เห็นได้ชัดว่ามีข้อจำกัดสำหรับสิ่งที่รัฐบาลรักษาการณ์จะดำเนินการได้ แต่ถึงกระนั้นรัฐบาลชุดนี้ก็ยังสามารถจะทำได้หลายอย่าง และที่จริงแล้วควรจะริเริ่มมาตรการหลายอย่างเพื่อปูทางไว้ให้รัฐบาลชุดต่อไปมาสานต่อได้

จาการ์ต้า/บรัสเซลส์ 15 มีนาคม 2550